Podczas II wojny światowej doznał poważnych zniszczeń. W okresie powojennym był przez kilka dziesięcioleci używany jako depozyt rzeźb, fragmentów architektonicznych i wolno stojących fresków pochodzących ze zniszczonych kościołów, które stały się zalążkiem zbiorów Muzeum Rzeźby Sant’Agostino. Cały augustiański kompleks klasztorny został odremontowany i od 1984 roku jest siedzibą Muzeum Sant’Agostino, zrealizowanym według projektu Franca Albiniego, Franki Helg i Idy Marii Botto. Odrestaurowany kościół służy jako audytorium i jest używany przez pobliski Teatro della Tosse. Jest jedynym całkowicie zachowanym gotyckim kościołem spośród wielkich, XIII-wiecznych kościołów genueńskich.
W skład muzeum wchodzą również dwa krużganki kompleksu klasztornego: tzw. krużganek trójkątny (datowany na XIV-XV wiek), oraz większy, czworokątny (z XVII wieku), który został całkowicie przebudowany. Jest to nowoczesna konstrukcja cementowo-stalowa, która nawiązuje do pierwotnego założenia kompozycyjnego. Z dawnego krużganka zachowały się tylko cztery kolumny narożne.
Architektura mały|240px|Wnętrze mały|240px|Krużganek i kampanila