W lipcu 1928 został przeniesiony do kadry oficerów artylerii z równoczesnym przeniesieniem służbowym do Szkoły Podchorążych Rezerwy Artylerii we Włodzimierzu Wołyńskim na stanowisko dowódcy nowo utworzonego III dywizjonu szkolnego. W grudniu 1932 został przeniesiony do 7 pułku artylerii ciężkiej w Poznaniu na stanowisko dowódcy dywizjonu. 17 stycznia 1933 został awansowany na stopień podpułkownika ze starszeństwem z dniem 1 stycznia 1933 i 17. lokatą w korpusie oficerów artylerii. W kwietniu tego roku został przesunięty na stanowisko kwatermistrza pułku. W październiku 1934 został przeniesiony do 17 pułku artylerii lekkiej w Gnieźnie na stanowisko zastępcy dowódcy pułku (od 1938 – I zastępca dowódcy). Na tym stanowisku pozostawał do roku 1939.
Zginął w walce z sowietami 17 września 1939 w pobliżu KowlaOd stu lat Niepodległa, [w:] red. Lucyna Tataruch, Kujawy. Pomorze. Lubię tu być, Polska Press sp. z o.o., Bydgoszcz, 2018..
Edmund Bartkowski był żonaty z Klarą z domu Kruppik (1898–1976), z którą miał trzy córki: Teresę Stanecką (1934–2015), Marię Orłowską (1935–1996) i Klarę Bartkowską (1939–2010, profesora zoologii)My Heritage, Bartkowski.