Powrócił do Gdańska w 1945. Do roku 1949 zajmował stanowisko kierownika Archiwum Państwowego w Gdańsku, zaś 1949–1961 - jego dyrektora. Nadzorował prace nad odbudową jego gmachu, zabezpieczeniem ocalałych archiwaliów oraz zabiegał o powrót akt wywiezionych w czasie wojny do Niemiec. W 1954 otrzymał stopień naukowy docenta. mały|Grób Marcina Dragana na Cmentarzu Srebrzysko w GdańskuZmarł w Gdańsku, pochowany na Cmentarzu Srebrzysko (rejon VI, KW III międzyleśny, miejsce leśne, grób 423).
Wybrane publikacje O filozofii dziejów św. Augustyna Kraków 1910 (nakładem autora). Recesy Gdańskie i ich wartość zastępcza w stosunku do utraconych źródeł archiwalnych, „Archeion”, 21, 1952, s. 175–191. Archiwalny Biuletyn Informacyjny, Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Gdańsku, oprac. M. Dragan, R. Morcinek, M. Sławoszewska, Warszawa 1954 (wyd. powielaczowe). Dr Anna Dembińska ur. 24 VII 1895 – zm. 19 VI 1954, kustosz WAP w Gdańsku, „Archeion”, 24, 1955, s. 389–390. Polsko-gdańsko-niemiecki spór archiwalny w okresie międzywojennym (1919–1939), „Archeion”, 39, 1963, s.