Jednak w 1962 roku, zarządzeniem ministra oświaty z dnia 7 czerwca 1962, została w Braniewie powołana Zasadnicza Szkoła Zawodowa o trzyletnim okresie nauki, dla której kościół był zbędny. Remont i odbudowę szkoły prowadzono pod kierunkiem Apolinarego Skrodzkiego. Mury kościoła stały zachowane w nienajgorzym stanie, co ukazują zdjęcia, aż do roku 1968, wtedy je dopiero zdecydowano się rozebrać, jako zapewne niepasujące do nowej rzeczywistości, a następnie na jej fundamentach wzniesiono nową budowlęAndrzej Kopiczko Kościół warmiński a polityka wyznaniowa po II wojnie światowej, Olsztyn 1996, s. 73. Nic nie pomogło nawet, że kościół gimnazjalny został wcześniej, bo 14 grudnia 1957, wpisany do ewidencji zabytków. Zresztą 14 grudnia 1957 wpisano również do rejestru zabytków również braniewski ratusz, również i on został rozebranyzabytek.pl Ruina ratusza.
Remont szkoły został ostatecznie zakończony w roku 1971Stanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s. 301. Wówczas to na miejscu kościoła gimnazjalnego i auli stał już typowy dla czasów PRL-u, nieprzystający architekturą doklejony do zabytkowego skrzydła szkoły z krużgankami i Wieży Kleszej blok mieszkalny (zob.