W czasie II wojny światowej muzeum poniosło ciężkie straty.
W okresie powojennym kościół był przez kilka dziesięcioleci używany jako depozyt rzeźb, fragmentów architektonicznych i wolno stojących fresków. W latach 1977–1992 sale muzealne zostały odnowione przez firmę Albini-Helg-Piva. Projektując nowe muzeum, architekci umiejętnie połączyli istniejący budynek z nowymi konstrukcjami, w większości wykonanymi z czarnej stali, kamienia i szkła. W 1984 roku zainaugurowano Muzeum Sant’Agostino.
W 2009 roku został zainaugurowany Dział Malarstwa, zawierający obrazy tablicowe z okresu od końca XII do początku XVI wieku. Zgodnie z koncepcją włączono tu też rzeźby z kamienia i drewna, wyroby z majoliki oraz elementy wyposażenia wnętrz. W roku następnym zainaugurowano Dział Ceramiki, którego zbiory ilustrują wymianę handlową i kulturalną pomiędzy różnymi częściami wybrzeża Morza Śródziemnego.