Po przejściu okresu próbnego, Marija stała się pełnoprawnym członkiem grupy i zaczęła brać udział w ekspropriacjach (aktach wywłaszczenia pieniędzy na rzecz sprawy od bogatych przedstawicieli społeczeństwa), a także w atakach terrorystycznych.
Marusia brała udział w kilku głośnych akcjach ugrupowania. Jednym z nich było podłożenie bomby w pociągu pasażerskim, którego pasażerowie w większości stanowili przedstawicieli zamożnej klasy. Nikt wówczas nie został ranny. Przy kolejnym ataku, bomba zabiła kierownika fabryki, co spowodowało jej zamknięcie na dłuższy czas. Natomiast w czasie ataku na biuro handlowe fabryki maszyn rolniczych w Aleksandrowsku zabito kasjera i strażnika oraz skradziono 17 000 rubli. Kiedy przybyła policja, Marija próbowała popełnić samobójstwo odpalając bombę, ta jednak nie wybuchła i młoda anarchistka została aresztowana.
W 1908 Marija Nikiforowa została oskarżona o zabójstwo policjanta i udział w czterech rozbojach. Sąd skazał ją na karę śmierci, którą jednak zamieniono na 20 lat ciężkich robót. Decyzja była spowodowana młodym wiekiem oskarżonej (w Imperium Rosyjskim pełnoletniość uzyskiwano w wieku 21 lat – a w momencie rozprawy Marija miała 20 lat).