Latem 1941 roku Popówka wraz z resztą Białostocczyzny znalazła się pod niemiecką okupacją. W pobliskich lasach założył swoją bazę oddział sowieckiej partyzantki, którym dowodził lejtnant Dymitr Nowikow ps. „Miszka”. Miejscowa ludność prawosławna udzielała partyzantom wszechstronnej pomocy.
Po pewnym czasie Niemcy nasilili działania przeciwpartyzanckie, co zmusiło „Miszkę” do likwidacji bazy i podzielenia oddziału na niewielkie patrole. W kwietniu 1943 roku białostockie Gestapo zdołało wprowadzić do oddziału swojego agenta, Eugeniusza Biwojno. Dzięki jego doniesieniom władze okupacyjne dowiedziały się o współpracy mieszkańców Popówki z partyzantami.
Przebieg pacyfikacji 30 czerwca 1943 roku do Popówki przybyła ekspedycja karna, w której skład wchodzili żandarmi z posterunków w Gródku i sąsiednich miejscowości. Niemcy aresztowali wszystkich mężczyzn, a następnie zabrali ich do aresztów w Gródku i Raduninie. 2 lipca powrócili do wsi, aby aresztować kobiety i dzieci. Zostały one zabrane do Gródka. Aresztowania uniknęła tylko Elżbieta Matejczuk z d. Dzienisiuk, gdyż udało jej się ukryć w zbożu, a według innej wersji – w piecu do pieczenia chleba.