W grudniu tegoż roku, już po powrocie do Niemiec, został internowany. Na wolność wyszedł dopiero w lutym 1949 roku.
W 1946 roku niemiecka prokuratura we Frankfurcie nad Menem wszczęła śledztwo przeciwko Josefowi Hirtreiterowi, który był podejrzewany o uczestnictwo w zbrodniach popełnionych w ośrodku w Hadamarze. W czasie śledztwa Hirtreiter podał nazwiska kilku kolegów z Hadamaru, którzy podobnie jak on zostali skierowani do służby w obozach zagłady w okupowanej Polsce. Jednym z nich był Klier. Postępowanie przygotowawcze przeciwko niemu i Hubertowi Gomerskiemu zostało wszczęte w 1949 roku. Był sądzony wraz z Gomerskim we Frankfurcie nad Menem. W czasie procesu utrzymywał, iż działał w stanie przymusu, wykonując zbrodnicze rozkazy przełożonych w obawie o własne życie. Żaden z byłych więźniów Sobiboru, którzy występowali na procesie w charakterze świadków, nie podważył jego linii obrony. Co więcej, zeznawali oni na jego korzyść, opisując go jako esesmana, który nie tylko nie nadużywał władzy, lecz wręcz udzielał więźniom pomocy.