Projekt KMO był realizowany w latach 2002–2005 przez Janusza Laskę i Kłodzkie Towarzystwo Oświatowe w ramach programu „Równać Szanse” Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności i Polskiej Fundacji Dzieci i Młodzieży. Początkowo był skierowany do uczniów i nauczycieli gimnazjów. Podczas zajęć pozalekcyjnych wykonywali eksperymenty i doświadczenia naukowe poszerzając swoją wiedzę przyrodniczą. Samodzielne doświadczanie i interaktywne metody pracy miały rozbudzać ciekawość i inspirować do samodzielnego zdobywania wiedzy wśród młodzieży. W roku 2009 projekt KMO przerodził się w program i ze względu na rozrastającą się sieć Klubów i coraz trudniejsze zarządzanie rolę koordynatora objęło Centrum Nauki Kopernik. 18 czerwca 2012 roku CNK i PAFW zawarły porozumienie mające na celu rozwijanie i promowanie inicjatywy Klubów Młodego Odkrywcy.
W 2012 roku odbyło się pierwsze ogólnopolskie spotkanie Opiekunów KMO w siedzibie CNK – I Forum KMO. Od tego czasu co roku w październiku lub listopadzie odbywają się takie spotkania społeczności Opiekunów.