Jego apsydy były skierowane, zgodnie z tradycją, na wschód. W maju 1239 roku templariusze z Genui i Acqui na polecenie papieża Grzegorza IX zostali poproszeni o sfinansowanie części wydatków delegacji Genui składającej wizytę w Rzymie. Z 1249 roku pochodzi kolejny zapis na rzecz domu templariuszy, ustanowiony przez Zaccarię de Mari. W 1289 roku papież Mikołaj IV domagał się od templariuszy z Archidiecezji Genui zapłaty dziesięciny za „negocium Regni Sicilie”. Z 1302 roku pochodzi pierwsze świadectwo podniesienia kościoła templariuszy do rangi kościoła parafialnego.
Po 1312 roku kościół Santa Fede został przejęty przez Zakon Szpitalników Świętego Jana. W 1370 roku Gregorio da Vellatro, prokurator Komandorii Świętego Jana w Prè zapłacił 1 lir genueński i 3 soldy tytułem podatku na rzecz Santa Fede. Według rejestrów z 1373 roku dotyczących stanu posiadłości Szpitalników kościół Santa Fede nie przynosił dochodów miejscowej komandorii. W rejestrze kurii arcybiskupiej (Registro della Curia arcivescovile) z 1385 roku Szpital św.