W trakcie kampanii wrześniowej został powołany do 2 batalionu mostów kolejowych pułku stacjonującego w Jabłonnie i skierowany na wschód. Wzięty do niewoli przez Sowietów, trafił do obozu w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie, po czym jego ciało wrzucono do bezimiennego, zbiorowego dołu śmierci lesie w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Na Liście Starobielskiej NKWD figuruje pod pozycją nr 2383. Podczas ekshumacji prowadzonej w latach 1995–1996 Niwiński został zidentyfikowany na podstawie zapisków w kalendarzyku porucznika Alojzego Babińskiego. Jego szczątki spoczywają w grobie 14, 28/95, nr inw. 1865/96.
Życie prywatne mały|Tablica epitafijna Alfreda Niwińskiego na Cmentarzu Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie.W 1932 poślubił Jadwigę Piech, z którą miał córki Irenę i Krystynę. Początkowo mieszkali w Słonimiu, a potem w Brześciu nad Bugiem przy ulicy Jagiellońskiej 12/8.
Upamiętnienie