Na wyposażeniu kościoła znajduje się wykonany w okresie jego budowy przez Feliksa Łopieńskiego relikwiarz cząstki drzewa Krzyża Świętego, ofiarowany wraz z relikwią przez dziedziczkę Czerni Marię Lasocką. Maria Lasocka zakupiła również dla kościoła goworowskiego obraz Józefa Buchbindera przedstawiający św. Józefa z Jezusem przy warsztacie.
Witraże w kościele zostały wykonane w warszawskim zakładzie św. Łukasza Marii Magdaleny Łubieńskiej, a także w pracowni Feliksa Białkowskiego. Polichromie wykonał Władysław Drapiewski w latach 1930-35. Stacje drogi krzyżowej i feretrony wykonał Antoni Panasiuk.
W kościele znajdują tablice fundacyjne z końca XVII wieku, związane z Florianem Brzezińskim i jego żoną Marianną. Cenną pamiątką jest także epitafium Gabriela Zambrzyckiego, pułkownika wojsk polskich, zmarłego w 1862 roku.
W Muzeum Diecezjalnym w Łomży znajduje się szereg sprzętów liturgicznych z kościoła goworowskiego. Do najcenniejszych należą krzyż relikwiarzowy z 2. połowy XVI wieku, a także efektowna monstrancja historyzująca wyprodukowana w zakładzie Braci Łopieńskich ok. 1901 roku.