W 1960 r. szkoła otrzymała patrona – kompozytora i dyrygenta Emila Młynarskiego. W uroczystości nadania imienia uczestniczyli córka i zięć patrona – Nelli i Artur Rubinstein. Szkoła stała się dla władz wizytówką szkolnictwa artystycznego. Uczniowie jeździli na festiwale i konkursy zagraniczne. Dzieci uczestniczyły w realizacji spektakli operowych i teatralnych, nagraniach płytowych i dokumentalnych. Zespoły muzyczne szkoły – orkiestra i chór – brały udział w prawykonaniach utworów polskich kompozytorów, takich jak: Jerzy Fotek, Augustyn Bloch, Romuald Twardowski, Jerzy Maksymiuk. Sukcesy odnosił chór pod dyrekcją kolejno Zbigniewa Soji, Romualda Miazgi i Ewy Marchwickiej.
Dyrektorami szkoły byli prof. Ludwik Kurkiewicz (1950), Weronika Długoborska (1950–1966), Irena Kirjacka (1966–1989), Maria Bryła-Liebig (1989–2002).
XXI wiek W 2002 r. szkołę podstawową przyłączono do większego Zespołu Państwowych Szkół Muzycznych nr 1 w Warszawie. Dyrektorem Zespołu została Maria Magdalena Radziejowska (2002–2012). Dyrektorem Zespołu jest Iwona Waga-Parafiniak a wicedyrektorem od 1999 r. Maria Maciejewska-Jagiełło. Pracą artystyczną w latach 2002–2012 kierowała absolwentka szkoły wicedyrektor Maria Rzepecka, a obecnie funkcję pełni Beata Karolak.
Od roku szkolnego 2020/2021 szkoła funkcjonuje przy ul. Rakowieckiej 21.