4 września 1939 nastąpiła ewakuacja Szkoły Podchorążych Rezerwy Lotnictwa z Radomia. Kolumna licząca około 180 żołnierzy wraz z dowódcą szkoły ppłk pil. Alfonsem Beseljakiem, 19 września po krótkiej walce z Sowietami pod Podhajcami dostała się do niewoli. Początkowo lotnicy przebywali w obozie w Talicach. Po przewiezieniu jeńców do obozu przejściowego w Szepietówce wyselekcjonowano oficerów i wysłano do obozu w Kozielsku (m.in. Alfons Beseljak, kpt pil Roman Radziszewski, mjr pil Józef Łęgowski), podchorążych do obozu pracy pod Lwowem. Według stanu z grudnia 1939 był jeńcem kozielskiego obozu. Między 7 a 9 maja 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 015/2 poz. 81 nr akt 4354, z 5 kwietnia 1940Na liście wywózkowej Rosjanie wstawili błędną datę urodzenia - 1896. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji z 29.05.1943 pod numerem 3503. Przy szczątkach Józefa Łęgowskiego znaleziono kartę szczepień obozowych i jeden listAuswaertiges Amt – Amtliches Material Zum Massenmord Von Katyn, Berlin 1943, s. 257.. Figuruje na liście AM-258-3503 (jako Lengowski Josef) i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem: GARF-127- 03503 (jako nierozpoznany major).