Życie prywatne i poglądy Ma z żoną Ruth trójkę dzieci. Ich syn, Daniel Pearl, został jako reporter The Wall Street Journal zabity w 2002 r. w Pakistanie; rodzice założyli na jego cześć NGO Daniel Pearl Foundation, której misją jest promocja międzykulturowego porozumienia poprzez współpracę dziennikarską i kulturalną. Judea wystąpił w filmie dokumentalnym z 2015 r. na temat rodzinnych tragedii, opublikował także w 2009 esej opisujący jego krytyczną wobec paradoksów polityki „Wojny z terroryzmem” perspektywę w The Wall Street Journal. Miał powiedzieć w rozmowie: „Nienawiść zabiła mojego syna. Dlatego jestem zdeterminowany zwalczać nienawiśc.” Pearl określa się jako ateista, który czuje się jednak przywiązany do żydowskich modlitw, tradycji i etyki.
Wybrane osiągnięcia i publikacje Judea Pearl był jednym z pionierów sieci bayesowskich, i pomysłodawcą wielu sposobów matematycznej formalizacji i modelowania przyczynowości. Jego obszary zainteresowania obejmują filozofię nauki, reprezentacje wiedzy i logiki nieklasyczne.