Eugen Brachvogel pobierał najpierw prywatne nauki, a od Wielkanocy 1896 w gimnazjum w Reszlu, gdzie zamieszkał w konwikcie biskupim. Był jednym z najlepszych uczniów. 18 lutego 1902 uzyskał tam świadectwo dojrzałościZeitschrift für die Geschichte und Altertumskunde Ermlands, Zeszyt 85, Braunsberg 1943. Następnie studiował w Państwowej Akademii w Braniewie (zamieszkał w tym czasie w słynnym Kamiennym Domu). 11 lutego 1906 roku przyjął święcenia kapłańskie w katedrze fromborskiej z rąk biskupa warmińskiego Andreasa Thiela.
Przez 10 lat był wikarym we Fromborku, gdzie poświęcił się badaniom nad dziełem Kopernika. W 1912 stworzył pierwszą izbę muzealną dotyczącą Kopernika na Wzgórzu Katedralnym, na poddaszu Wieży Kopernika (współcześnie to Muzeum Mikołaja Kopernika oraz Muzeum Pomnika Historii Frombork Zespół Katedralny). Uzyskał też zezwolenie na utworzenie muzeum biskupiego i kapitulnego. Uporządkował również archiwum biskupie i katedralne oraz przeniósł Muzeum Warmińskie z Braniewa do Fromborka. W 1921 biskup Bludau mianował go subregensem (wicerektorem) seminarium duchownego w Braniewie, w 1927 został jego rektorem.