Trzeci album studyjny The Fat of the Land wydany w czerwcu 1997 roku, osiągnął wielki komercyjny sukces, stając się numerem 1 w dwunastu krajach. Krążek promowały trzy single „Firestarter”, „Breathe” oraz „Smack My Bitch Up”, z których wszystkie stały się hitami. Album zyskał uznanie krytyków i do 2019 roku rozszedł się w ponad 10 milionach kopii na całym świecie.
Czwarty album Always Outnumbered, Never Outgunned pomimo sukcesu komercyjnego jaki odniósł w pierwszych dniach premiery, był najsłabiej sprzedającym się wydawnictwem ze wszystkich dotąd wydanych przez The Prodigy. Został również słabo oceniony przez krytyków, którzy zarzucali mu odejście od stylu znanego w poprzednich albumach.
Wydany 20 lutego 2009 roku piąty album Invaders Must Die zyskał znacznie większą popularność niż poprzednia płyta, a jego łączna sprzedaż przekroczyła 1 300 000 egzemplarzy na całym świecie.
The Day Is My Enemy miał swoją premierę 30 marca 2015 roku. Album uzyskał w Wielkiej Brytanii status złotej płyty.
No Tourists to siódmy album grupy, wydany 2 listopada 2018 roku, jest ostatnim albumem The Prodigy nagranym z udziałem wokalisty Keitha Flinta przed jego śmiercią w marcu 2019 roku.