Po ucieczce Marii do Anglii w tym samym roku i uwięzieniu jej przez królową Elżbietę, szkocki mąż stanu William Maitland sugerował Howardowi, że rozwiązaniem konfliktów szkocko-angielskich mógłby być ślub Howarda z Marią i ogłoszenie jej dziedziczką przez bezdzietną Elżbietę. Książę Norfolk nie zdecydował się jednak wówczas ani na złożenie takiej propozycji, ani na bunt wobec angielskiej królowej. Tymczasem część katolickiej angielskiej szlachty zdecydowała się na bunt wobec Elżbiety próbując uwolnić Marię, wydać ją za księcia Norfolk, uczynić z niej królową Anglii i przywrócić religię rzymskokatolicką jako panującą. Rewolta została stłumiona, a w październiku 1569 z rozkazu Gloriany Howard został aresztowany i pozostawał w uwięzieniu do sierpnia 1570.
W 1571, wraz z włoskim kupcem mieszkającym w Londynie Roberto di Ridolfim, stanął na czele tzw. spisku Ridolfiego. Planowali doprowadzenie do inwazji sił hiszpańskich króla Filipa II na Anglię, małżeństwo Marii Stuart z Howardem i ustanowienie jej królową angielską.