W 977 roku papież Benedykt VII przekazał świątynię zbiegłemu przed muzułmanami z Damaszku arcybiskupowi Sergiuszowi. Założył on przy kościele wspólnotę mnichów, której klasztor zasłynął jako centrum dla misjonarzy (przebywał tu m.in. św. Wojciech). W X wieku mnisi ci zostali zastąpieni przez benedyktynów, a ci z kolei w 1231 roku przez norbertanów. W tym czasie doszło do wyludnienia Awentynu (gdzie większość terenu została zajęta przez winnice i pola), wyjątek stanowiły tylko zabudowania klasztorne. W związku żywym kultem św. Aleksego, który cieszył się wówczas duża popularnością, papież Honoriusz III w 1217 roku do wezwania kościoła św. Bonifacego dodał również św. Aleksego. Przeprowadzono wtedy również rekonstrukcję kościoła, który w tym czasie opisywano jako trójnawowy z ośmioma arkadowymi kolumnami po każdej stronie.
W XIII wybudowano dzwonnicę istniejącą do dzisiaj. W 1582 roku przeprowadzono kolejną przebudowę. W 1426 roku klasztor otrzymali hieronimici obserwanci (tzw. hieronimici z Lombardii). W 1750 roku kościołowi nadano cechy barokowe według projektu Giovanni Battista Nolli, a pod kierunkiem Tommaso de Marchis. W związku z kasatą zakonu hieronimitów obserwantów klasztor wraz z bazyliką przejęli Ojcowie Somascy w 1846 roku.