II wojna światowa Działania wojenne wstrzymały działalność klubu i sekcji wioślarskiej. Wielu wioślarzy uczestniczyło w walkach na froncie (np. Henryk Niezabitowski, czy Marian Wodziański). Część zawodników straciła w tych walkach życie (m.in. Andrzej Sołtan). Wielu uczestniczyło w konspiracji (np. Otton Gordziałkowski, czy Lucjan Kulej). Na podkreślenie zasługuje również udział H. Niezabitowskiego w organizacji jenieckiej olimpiady w roku 1944 w Oflagu II D w Gross-Born.
Okres powojenny W wyniku działań wojennych i powstania warszawskiego wszystkie przystanie wioślarskie stolicy zostały zniszczone. Sekcja wioślarska AZS Warszawa została reaktywowana krótko po wojnie. W 1947 roku korzystała z odbudowanej przystani Warszawskiego Towarzystwa Wioślarskiego. W tym samym roku akademicy uczestniczyli w pierwszych powojennych zawodach wioślarskich w WarszawieJacek R. Przygodzki, Odbudowa sportu wioślarskiego w Warszawie po drugiej wojnie światowej, w: Z dziejów wioślarstwa w Polsce. Materiały z sesji popularno-naukowej odbytej 15 października 2004 roku w Poznaniu. Warszawa 2005, Ryszard L. Kobendza, Zarys 80-letniej Działalności Polskiego Związku Towarzystw Wioślarskich, Warszawa 2001, s. 254, . Pod koniec lat 40. odbudowali swoją przystańPół wieku Akademickiego Związku Sportowego 1908-1958, W. Szkiela, B. Tuszyński, Z.