1 stycznia 1935 awansował do stopnia kapitana ze starszeństwem z dniem awansu i 5 lokatą. W marcu 1939 był komendantem obwodowym Przysposobienia Wojskowego w Równem przy 45 pp.
Podczas kampanii wrześniowej, wzięty do niewoli przez Sowietów. Według stanu z grudnia 1939 był jeńcem obozu kozielskiego. Ostatnia wiadomość od Matkowskiego dotarła do małżonki pod koniec grudnia 1939. 28 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 052/4 poz. 65 nr akt 619, z 27.04.1940. Został zamordowany 30 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, wpis w dzienniku ekshumacji z dnia 30.04.1943, nr 759. Figuruje liście AM-185-759 i Komisji Technicznej PCK: 759. Przy szczątkach Matkowskiego w mundurze znaleziono część legitymacji MSWojsk., kartkę z adresami, świadectwo szczepień w Kozielsku nr 676Auswaertiges Amt – Amtliches Material Zum Massenmord Von Katyn, Berlin 1943, s. 211.. Znajduje się na liście ofiar (pod nr 0759) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 107, Nowym Kurierze Warszawskim nr 112 z 1943. Krewni do 1946 poszukiwali informacji przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie. Postanowieniem Sądu Grodzkiego w Krakowie z dnia 7 października 1946 został uznany za zmarłego.