Jako dyrygentka zadebiutowała w 2004 roku na Festiwalu Muzycznym w Lucernie, pracując pod okiem Pierre’a Bouleza. Przez wiele lat współpracowała z Maestro Jerzym Semkowem, a w sezonie 2007/2008 asystowała prof. Krzysztofowi Pendereckiemu. Monika Wolińska jest wielką propagatorką muzyki współczesnej. Występowała wielokrotnie na Festiwalu Warszawska Jesień oraz Festiwalu „Generacje”. Współpracowała z wieloma orkiestrami w Polsce oraz wielu krajach Europy, Azji i Ameryki. Koncertowała między innymi z Orkiestrą Sinfonia Varsovia, Orkiestrą Filharmonii Narodowej, NOSPR w Katowicach, Polską Orkiestrą Radiową, Orkiestrą Konserwatorium Muzycznego w Sankt Petersburgu, Orkiestrą Kameralną „Moscovia”, Narodową Orkiestrą Litewską.
W 2014 roku poprowadziła premierę widowiska muzyczno-historycznego Universa – Opera Otwarta Jana A.P. Kaczmarka, utworu napisanego z okazji Jubileuszu 650-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego.