Mimo tych niedoskonałości ekspozycja kopernikańska cieszyła się dużym zainteresowaniem wśród zwiedzającychMuzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku, Tadeusz Piaskowski (współcześnie na terenie Wzgórza Katedralnego funkcjonuje założone w 1948 samorządowe Muzeum Mikołaja Kopernika we Fromborku oraz powstałe w 2016 kościelne Muzeum Pomnika Historii Frombork Zespół Katedralny).
Wieża została poważnie uszkodzona podczas ataku wojsk sowieckich w 1945. Decyzją Komitetu Fromborskiego z dnia 16 listopada 1947 włączona została do kompleksu Muzeum Mikołaja Kopernika. W 1948 wieżę odgruzowano, wykonano prowizorycznie stropy i schody oraz wykonano nowy dach namiotowy kryty dachówką ceramiczną. Po otwarciu muzeum w kanoniach Najświętszej Panny Marii i w Domu Kustosza prace remontowe przerwano do 1950. W wyniku prac badawczych przeprowadzonych w 1951 odsłonięto wiele interesujących elementów i detali architektonicznych. Po wykonaniu wstępnych prac porządkowych i oczyszczających podjęto prace rekonstrukcyjne, trwające do 1954. W tych latach wykonano zabezpieczenie murów obwodowych wieży i prowizorycznie przykryto stropami jej poszczególne kondygnacje. Przemurowane oraz wylicowane zostały mury obronne wieży. Latem 1962 rozpoczęto rozbiórkę prowizorycznych stropów i części murów wewnętrznych.