Został awansowany na stopień kapitana lekarza ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919. Po zakończeniu wojny polsko-bolszewickiej został zdemobilizowany, powrócił do Łodzi, i podjął ponownie pracę lekarza w szpitalu. W 1923 obronił doktorat na macierzystej uczelni. Awansował na lekarza naczelnego, a następnie został dyrektorem Szpitala Anny Marii. Był pomysłodawcą, twórcą, a także prowadził sanatorium w Sokolnikach, przeznaczone dla dzieci po leczeniu w Szpitalu Anny Marii. Fundatorką sanatorium była Matylda Herbstowa, która podarowała swoją posiadłość na potrzeby placówki. Za jego kadencji jako dyrektora szpital został znacząco rozbudowany. Postawiono nowoczesne budynki, w których zostały umieszczone oddziały izolacyjno-gruźliczy (1930) oraz izolacyjny (1938). Z okazji dwudziestopięciolecia funkcjonowania szpitala Mogilnicki wydał monografię lecznicy.
Był zwolennikiem otwarcia Wydziału Lekarskiego w Łodzi, jego nazwisko znajduje się na liście członków założycieli, zarejestrowanego w 1938 r., Stowarzyszenia „Organizacja Wyższej Uczelni Lekarskiej w Łodzi”. Współpracował z rozgłośnią Polskiego Radia w Łodzi, wygłaszał na antenie odczyty dotyczące zdrowia.