Prace dekoracyjne przeciągnęły się na następne stulecia. W 1810 roku dotychczasowa kolekcja obrazów została wzbogacona dziełami zabranymi ze zniesionych kościołów: San Basegio, Ognissanti i Santa Maria Maggiore. W 1857 roku podczas zakrojonej na szeroką skalę renowacji odnowiono prawie wszystkie ołtarze, a przy tej okazji wymieniono również szereg dotychczasowych dzieł sztuki na istniejące obecnie. W 1987 roku przeprowadzono dalsze prace renowacyjne, głównie na dachu świątyni.
Historia parafii Data ustanowienia parafii przy kościele jest, podobnie jak data jego ufundowania, również niepewna, jednak ustalona na połowę XI wieku, po tym jak w 1041 roku papież Leon IX zamknął kwestię mieszanej jurysdykcji dotyczącej kościoła, podzielonej między patriarchę Grado a biskupa Castello.
W następstwie dekretów napoleońskiego Królestwa Włoch z lat 1807–1810 liczba weneckich parafii została zmniejszona z ponad 70 do 30. Kościół Świętych Gerwazego i Protazego zachował jednak status kościoła parafialnego, przejmując z czasem część terytorium i wiernych sąsiedniej parafii San Basilio (zniesionej w 1807 roku) i część parafii San Raffaele Arcangelo.