Liczba członków Rady Nowego Miasta zmieniała się na przestrzeni wieków – podczas gdy pierwsze wzmianki podawały liczbę 12 rajców, to w XVII–XVIII wieku było to zwykle osiem osób oraz pisarz miejski. Przyczyną zmniejszenia składu Rady mógł być spadek liczby ludności wskutek wojen i szerzącej się w latach 1708–1711 na Warmii epidemii dżumy, która pochłonęła ok. 1/3 ludności. W samym Braniewie zmarło ok. 1050 osób, a największa śmiertelność była notowana wśród ludności Nowego MiastaFlis, Stanisław Dżuma na Mazurach i Warmii w latach 1708-1711 Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 4, 473-523 1960.
Ratusz miejski w późniejszym okresie zamieniono na kościół gminy ewangelickiej, a po wybudowaniu w latach 1830–1838 nowej świątyni przy ul. Królewieckiej według projektu Karla Friedricha Schinkla został przemianowany na teatr miejski, w którym występowały trupy wędrowne (od 1901 mieściła się tu cukiernia Tolksdorf, a jako ostatni bank Ostpreßische Landschaft). Nowe Miasto Braniewo miało swoje cechy, jednak były one mniej liczne, natomiast przedstawiciele tych zawodów, które nie zorganizowały się, byli zmuszeni do zrzeszenia się w cechach Starego Miasta (m.in. bednarze, płóciennicy, kuśnierze, obręczarze). Długo jednak nie dopuszczano mieszkańców Nowego Miasta do zrzeszania się w cechu armatorów żaglowców (Zunft der Schmackenreeder).