W stanie wilgotnym powierzchnia cynamonowobrązowa do rdzawobrązowej i prążkowana aż do wierzchołka od przeświecających blaszek, w stanie suchym ochrowobrązowa, gładka. Blaszki Przyrośnięte, szerokie, początkowo płowożółte, potem od zarodników stają się rdzawobrązowe. Trzon Wysokość 1–3 cm, grubość 1 mm, rurkowaty, często wygięty. Powierzchnia czerwonobrązowa, jaśniejąca ku górze. Górą oprószona, dołem z nielicznymi włókienkami będącymi pozostałością osłony. Miąższ Cienki, bez wyraźnego zapachu i smaku. Wysyp zarodników Rdzawobrązowy. Cechy mikroskopowe Zarodniki 6,5–8,5 × 3,5–5,5 µm; elipsoidalne, nieco bocznie spłaszczone, z małą łysinką, o szorstkiej powierzchni. Cheilocystydy 28–45 × 6–7.5 µm, szkliste, cienkościenne, gładkie, liczne, o kształcie od cylindrycznego do brzuchatego, o końcach obłych lub zaopatrzonych w nieco zaostrzony kończyk o szerokości 3-6 µm. Pleurocystyd brak. Gatunki podobn Identyfikacja licznych gatunków hełmówek zazwyczaj wymaga analizy mikroskopowej. Hełmówka pniakowa jednak dzięki występowaniu na drewnie iglastym i kapeluszowi z ostrym garbkiem kapeluszem jest łatwa do odróżnienia od innych hełmówek. Mikroskopowo charakterystyczne są dla niej małe i szorstkie zarodniki.