W 1945 podjął pracę na Wydziale Teologicznym UJ jako zastępca profesora, w tym samym roku otrzymał stopień doktora habilitowanego na podstawie pracy Doctrina Petri Abaelardi de Trinitate, vol. II: De mysterio SS. Trinitatis opublikowanej w 1939 i został mianowany docentem. W latach 1945–1954 kierował na UJ Katedrą Dogmatyki SzczegółówejPiotr Wisz Habilitacje na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie w latach 1945–1954, w: Resovia Sacra, tom 14/15 (2007/2008), s. 264. 1 maja 1954 został mianowany profesorem nadzwyczajnym. Pracę magisterską pod jego kierunkiem napisał na UJ Karol Wojtyła.
Po likwidacji Wydziału Teologicznego UJ w sierpniu 1954 został profesorem Wydziału Teologicznego Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, gdzie objął Katedrę Dogmatyki Spekulatywnej. W 1957 zrezygnował z pracy ATK, ale powrócił tam w 1964, ponownie obejmując tę samą katedrę, w 1969 został profesorem zwyczajnymAndrzej Zuberbier Kierunek teologii dogmatycznej, w: XX lat Akademii Teologii Katolickiej. Księga pamiątkowa 1954–1974, wyd. ATK, Warszawa 1976, s. 88. Na Wydziale Teologicznym ATK był promotorem wielu prac doktorskich. Pod jego kierunkiem stopień doktora uzyskali m.in. Jerzy Kotara, Tadeusz Dionizy Łukaszuk i Engelbert Gorywoda.