Wówczas po raz pierwszy zaczęła rozważać koncepcję pomocy takim kobietom, przy pomocy statku pływającego pod banderą holenderską, na którym obowiązywałoby prawo holenderskie. Aby móc legalnie zrealizować takie przedsięwzięcie, musiała stworzyć przenośną klinikę aborcyjną. Klinika ta powstała na podstawie projektu zaprzyjaźnionego z Gomperts artysty Joepa van Lieshouta.
Kobiety na Falach
Rebecca Gomperts założyła organizację Women on Waves (Kobiety na Falach) w 1999. Jej celem była pomoc w farmakologicznych aborcjach, a także edukacja seksualna dla kobiet w krajach, w których dostęp do tych usług jest ograniczony. Organizacja stała się szczególnie znana ze sprzedaży pigułek aborcyjnych w mobilnym gabinecie na statku, na którym po wypłynięciu na pełne morze obowiązuje holenderskie prawo.
Women on Web
Z czasem okazało się, że realizacja usług aborcyjnych przy pomocy statku często bywa utrudniona, a jednocześnie liczba kobiet proszących organizację o pomoc jest duża. Z tego powodu Gomperts zdecydowała o rozpoczęciu działalności przez internet. Dlatego w 2005 założyła organizację Women on Web (Kobiety w Sieci). Udziela ona porad kobietom oraz zajmuje się dystrybucją środków poronnych w rejony, gdzie nie są one dostępne.