III Rzeczpospolita Gimnazja w polskim systemie oświaty pojawiły się ponownie 1 września 1999 roku. Wprowadziła je ustawa z 1998 roku o zmianie ustawy o systemie oświatyUstawa z dnia 25 lipca 1998 r. o zmianie ustawy o systemie oświaty (). w ramach reformy systemu oświaty autorstwa ówczesnego ministra edukacji narodowej Mirosława Handkego; . będącej częścią programu czterech reform opracowanego i wdrażanego przez rząd Jerzego Buzka. Od tego roku gimnazjum było drugim, obowiązkowym poziomem kształcenia w Polsce. Uczęszczała do niego młodzież w wieku 13–16 lat, która ukończyła sześcioletnią szkołę podstawową. Pierwszym rocznikiem, który chodził do gimnazjum, był rocznik 1986, natomiast ostatnim rocznik 2003.
Nauka w gimnazjum trwała 3 lata i kończyła się ogólnopolskim egzaminem, od którego wyników w dużej mierze zależał wybór kolejnej szkoły. Pozytywne oceny opierane były na wynikach badania wykonanego przez PISA, wg którego wyniki uczniów opuszczających polskie gimnazja były we wszystkich zakresach wyższe od średniej krajów OECD.