Katolicyzm przybył do Gabonu wraz z portugalskimi kolonizatorami pod koniec XV wieku. W XVII wieku znaczną pracę misyjną w Gabonie wykonywali włoscy kapucyni, ale Portugalczycy wydalili ich w 1777 roku. Na ich miejsce przybyli misjonarze ze Zgromadzenia Najświętszego Serca (1841) i Misji Ducha Świętego (1848). Na początku XX wieku w Gabonie było około 15 tys. rzymskich katolików. Hierarchia kościelna została ustanowiona w 1955 roku.
Misje protestanckie rozpoczęły się w roku 1842, kiedy American Board of Commisioners for Foreign Mission utworzyła stację w Barake. W 1870 roku stację tę przejął Kościół Prezbiteriański USA. Pod koniec XIX wieku Paryskie Towarzystwo Misyjne utworzyło stacje w Angouma, Lambarene i Telagouga. Najbardziej znanym misjonarzem w Gabonie był Albert Schweitzer (1875-1965), który pracował w swoim szpitalu w Lambarene aż do śmierci. Z misji paryskiej pochodzi zapoczątkowany w 1961 roku, obecnie największy kościół protestancki – Kościół Ewangelicki w Gabonie.
Islam thumb|Meczet w Port-Gentil W ostatnich dziesięcioleciach zaobserwowano wzrost wyznawców islamu do obecnego odsetka około 10%. Nawrócenie prezydenta Omara Bongo na islam w latach 70.