Prezbiterium oraz kaplice boczne zostały zbudowane w latach 1506–1514 przez Sebastiana da Lugano. Ścianę czołową apsydy przepruwają trzy rzędy okien; dwa dolne z oknami prostokątnymi o orientacji pionowej i górny z oknami zamkniętymi łukowo. Po obu stronach apsydy znajdują się obszerne galerie przeznaczone dla śpiewaków.
Na wewnętrznej ścianie fasady znajduje się pomnik nagrobny Jacopa Foscariniego, Capitano da mar, zmarłego w 1602 roku, znanego także jako kolekcjoner starożytności, przechowywanych w jego pałacu w pobliżu kościoła. Inspirację stanowił tu pomnik nagrobny Francesca Veniera dłuta Jacopa Sansovina w kościele San Salvador.
Najważniejsze dzieła sztuki W drugim ołtarzu po prawej stronie znajduje się obraz Adoracja Pasterzy Cimy da Conegliano z 1509 roku, który jest jednym z jego najlepszych dzieł. Nad trzecim ołtarzem po prawej stronie, jedynym zwieńczonym kopułą, widnieje fresk przedstawiający dwóch aniołów w locie, pędzla Sebastiana Ricciego. Czwarty ołtarz, Altare dei Compra Vendi Pesce, zdobi obraz Ofiarowanie Jezusa w świątyni Jacopa Tintoretta, namalowany w latach 1541–1542. W drugim ołtarzu lewej nawy znajduje się obraz Święty Mikołaj w chwale ze świętymi Janem Chrzcicielem i Łucją, namalowany Lorenza Lotta w 1529 roku dla Scuoli dei Mercanti, oprawiony w oryginalną ramę z kamienia z Istrii.