Był kierownikiem projektów badawczych Konserwatorskie kierunki działań wskazujące możliwości uratowania dziedzictwa kulturowego Twierdzy Przemyśl (2008) i Twierdza Przemyśl – badanie charakteru potrzeb miejsca (2010), a także współpracował w opracowaniu projektu badawczego Pozytywny i negatywny wpływ założeń fortecznych na rozwój urbanistyczny miasta Przemyśla (kwiecień 2015). Kierowany przez Marka Gosztyłę Zakład Konserwacji Zabytków w latach 2010–2016 realizował badania obejmujące problematykę zachowanych potencjałów dziedzictwa we współczesnych programach architektonicznych.
Artykuły naukowe publikuje w Wiadomościach Konserwatorskich – Journal of Heritage Conservation prestiżowym periodyku naukowym architektów-konserwatorów, Czasopiśmie Inżynierii Lądowej, Środowiska i Architektury – Journal of Civil Engineering, Environment and Architecture, Technical University of Kosice, Transactions of the Universities of Kosice i w międzynarodowym wydawnictwie pokonferencyjnym Bardkontakt – Bardejov. Od kilku lat zakres swoich badań poszerzył o zagadnienia socjologiczne. W wydanej książce Dziedzictwo Zarzecza w powiecie przeworskim (2018) stosowany aparat badawczy w dyscyplinie architektura i urbanistyka połączył z nowoczesną techniką.