Ok. 2/3 powierzchni Parku pokrywają lasy, których część podlega ochronie ścisłej. Dominują buczyny, których najcenniejsze fragmenty zachowały się w północnej części Parku, w masywie Ljutoča (1168 m n.p.m.) i V. Ljutoča (941 m n.p.m.). Pozostałe obszary pokrywają liściaste lasy mieszane ze znacznym udziałem kilku gatunków dębów. W wyższych położeniach, na kamienistych zboczach, dominują kserotermiczne zespoły z dębem omszonym, grabem wschodnim i chmielograbem europejskim. Gatunki te, występujące tu w formach krzaczastych, tworzą zwarte łany trudne do przebycia. Na łagodniejszych stokach i głębszych, żyźniejszych glebach, rosną dąbrowy z dębem burgundzkim i bezszypułkowym. W niższych położeniach, na wilgotniejszych stanowiskach, spotkamy lasy z dębem szypułkowym i grabem pospolitym. Dna szerszych dolin rzecznych zajmują lasy łęgowe z wierzbą białą i olszą czarną.
Na obszarze parku występują rzadkie gatunki roślin, m.in.: goryczka żółta (Gentiana lutea), goryczka kropkowana (Gentiana punctata), szarotka alpejska (Leontopodium alpinum) i kosodrzewina (Pinus mugo). Do endemitów należy dzwonek uński (Campanula unensis), którego nazwa gatunkowa pochodzi od rzeki Una, oraz kosaciec Iris reichenbachii var. bosniaca.