W roku 1414 Rada Miasta zaciągnęła w nim nawet pożyczkę pieniężną, zatem musiał sobie radzić nie najgorzej. W czasie wojny polsko-krzyżackiej w latach 1519–1521 (1 stycznia 1520 Krzyżacy zdobyli Braniewo i obsadzili je swoją załogą) kościółek ten został zrównany z ziemią i pozostała po nim tylko dzwonnica. Świątynię następnie odbudowano, 16 sierpnia 1584 roku konsekrował ją biskup warmiński Marcin Kromer; ponownie na cześć Jana Chrzciciela. Podczas wizytacji w 1609 roku polecono odnowić kaplicę oraz nakazano: „Najlepiej by było, aby dla tej kaplicy został wyznaczony osobny ksiądz, ponieważ jednak obecnie z powodu niewystarczających czynszów i innych dochodów tymczasem tego nie da się zrealizować, wobec czego niech prowizorzy zatroszczą się, aby były tu odprawiane nabożeństwa kilka razy do roku, zwłaszcza w ważniejsze święta”Stanisław Achremczyk, Alojzy Szorc, Braniewo, Olsztyn 1995, s. 236–237. Podczas ataku na miasto wojsk szwedzkich 10 lipca 1626 przedmieście Koźlin zostało spalone, a wraz z nim znajdujący się również poza murami miasta kościółek. Następnie świątynia została w partiach murowanych rozebrana.