Historia Pierwotnie, w okresie istnienia Państwa Kościelnego, kompleks należał do (), jednej ze wspólnot zakonu hieronimitów. Początki budowli wiążą się z (1349–1449), który w 1419 roku założył na Janikulum pustelnię, po czym w 1439 roku zaczął dobudowywać do niej kościół. Prace ukończono w 1446 roku i zgodnie z ówczesnym zwyczajem Mikołaj został pochowany pod posadzką kościoła. Wykańczanie kompleksu trwało do XVI wieku.
Początkowo pustelnia znajdowała się w miejscu trudno dostępnym, ale w 1588 roku papież Sykstus V poprowadził do niej drogę od bramy ; w 1600 roku, za pontyfikatu Klemensa VIII, droga została wybrukowana. W 1712 roku szczątki Mikołaja z Forca Palena, otoczonego kultem, uroczyście przeniesiono na ołtarz główny kościoła. W świątyni, oprócz Mikołaja z Forca Palena, beatyfikowanego w 1771 roku, pochowano m.in. poetę Torquata Tassa (1544–1595) i filozofa Franciscusa Patriciusa (1529–1597).
W 1873 roku klasztor został przejęty przez władze Królestwa Włoch i urządzono w nim szpital dziecięcy (Ospedale Pediatrico Bambino Gesù);