Po wkroczeniu wojsk niemieckich i austro-węgierskich na ziemie ukraińskie, po podpisaniu traktatu brzeskiego, tworzył oddziały partyzanckie do walki z nimi, a następnie także z popieranym przez Niemców rządem Pawła Skoropadskiego. Jesienią 1918 r. został dowódcą sformowanego w Unieczy Pułku Taraszczańskiego, który wszedł do 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej i brał razem z nią udział w interwencji radzieckiej na Ukrainie. Siły dowodzone przez Bożenkę brały udział w marszu na Kijów, zakończonym wkroczeniem bolszewickiej armii do niebronionego miasta (rząd Symona Petlury opuścił je, nie dysponując siłami niezbędnymi do obrony, i udał się do WinnicyJ. D. Smele, The "Russian" Civil Wars 1916-1926. Ten Years That Shook the World, Hurst&Company, London 2015, , s. 101.). 5 lutego 1919 r. za udział w operacji kijowskiej Pułk Taraszczański został odznaczony Honorowym Czerwonym Sztandarem, a Bożenko - złotą bronią osobistą.
Od kwietnia 1919 r. Bożenko dowodził 2 brygadą 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej, natomiast w sierpniu tego samego roku 44 Brygadą Strzelecką. W tym samym miesiącu zachorował, zmarł i został pochowany w Żytomierzu.
Upamiętnienie
200px|right|thumb|Pomnik Bożenki w Kijowie, stan z 2010 r. Wasyl Bożenko jest jednym z bohaterów filmu Ołeksandra Dowżenki Szczors.