Okupacja Łotwy przez wojska radzieckie 17 czerwca 1940 roku i następnie przyłączenie Łotwy do ZSRR jako jednej z republik przyniosła kres własnej państwowości i odrębności łotewskiej marynarki wojennej. Po integracji z radziecką marynarką wojenną większość dawnych łotewskich okrętów wojennych została zniszczona podczas II wojny światowej.
Od 1991 Po odzyskaniu niepodległości Łotwa rozpoczęła odbudowę swoich sił zbrojnych w 1991 roku. Jako zadania dla marynarki wojennej określono bezpieczeństwo własnych granic morskich i usuwanie min. 11 kwietnia 1992 roku podniesiono banderę na pierwszej jednostce „Sams”, co jest uważane za datę odrodzenia sił morskich Łotwy (był to dawny kuter ochrony rybołówstwa łotewskiej SRR „Ribanadzor”). W następnych latach przejęte jednostki patrolowe zostały wycofane ze służby, a na ich miejsce zostały zakupione używane okręty z zagranicy, między innymi z zasobów Marynarki Ludowej NRD. Przez pewien czas jedynymi okrętami o większej wartości były niemieckie trałowce typu Kondor, o tradycyjnych nazwach „Viesturs” i „Imanta”, otrzymane w 1993 roku (uzbrojone dopiero w kolejnym roku, z użyciem polskich działek). Priorytetem stały się działania przeciwminowe – do 2011 roku usunięto 477 min, bomb lub torped pozostałych z czasów wojny, głównie z Zatoki Ryskiej i Cieśniny Irbe.