Media państwowe doniosły, że wszyscy więźniowie polityczni, w tym przywódcy protestów przeciwko Baszirowi, zostali wypuszczeni na wolność.
Tymczasowa Rada Wojskowa aresztowała kilku urzędników: premiera Muhammada Tahira Ajalę, Ahmada Haruna (przewodniczącego rządzącej partii Kongres Narodowy), członka Legislatury Narodowej Awad Al-Jaz, byłego ministra obrony Abd ar-Rahima Muhammada Husajna oraz byłych wiceprezydentów Bakriego Hasana Saliha i Alego Usmana Tahę.
Awad Ibn Auf następnego dnia po zamachu został usunięty ze stanowiska, podobnie dowódcy wywiadu i policji, a szefem rady wojskowej został gen. Abd al-Fattah Abd ar-Rahman Burhan. Dwa dni później rada wojskowa ogłosiła zniesienie cenzury i godziny policyjnej, zwolnienie więźniów politycznych, powołanie komitetu ds. walki z korupcją i wszczęcie dochodzenia w sprawie nadużyć dotychczasowej administracji. Ponadto rada zapowiedziała, że społeczeństwo będzie miało możliwość wyboru cywilnego premiera.
Sudańskie Zrzeszenie Profesjonalistów od czasu obalenia Baszira negocjowało z Tymczasową Radą Wojskową kształt przyszłego ustroju, jednak 3 czerwca niespodziewanie Rada podjęła próbę usunięcia siłą protestujących sprzed dowództwa wojska.