Nie można jednak wykluczyć, że ma ona charakter topograficzny przez wzgląd na porastające w tym rejonie paprocie o nazwie długosz królewski (Osmunda regalis).
Pierwsze wzmianki o osadzie pochodzą z roku 1238, kiedy to ówczesny biskup krakowski Wisław z Kościelca potwierdził fakt przynależności wsi do dóbr klasztornych Opactwa Benedyktynek w Staniątkach, zwalniając także osadę z płacenia dziesięciny kościelnej. Z 1242 roku pochodzi natomiast dokument wydany przez ówczesnego księcia krakowskiego Konrada Mazowieckiego, na mocy którego dochodzi do zamiany części dóbr klasztornych z biskupimi, w wyniku której Długoszyn staje się posiadłością biskupów krakowskich. Już wówczas wieś ta jest określana jako cum plumbo, a więc z ołowiem. To właśnie w tamtym okresie dach katedry wawelskiej pokrywano ołowiem, który pochodził m.in. z Długoszyna. Długoszyn od samego początku swojego istnienia był częścią diecezji krakowskiej, a od 1273 roku Księstwa, a następnie województwa krakowskiego.