W 1927 powrócił na przerwane studia, naukę kontynuował pod kierunkiem Józefa Mehoffera i Jana Wojnarskiego. Debiutował na wystawie zorganizowanej w 1931 przez Towarzystwo Przyjaciół Sztuk Pięknych, wystawiał również na wernisażu Towarzystwa Artystów Polskich "Sztuka". Podczas studiów wielokrotnie otrzymywał wyróżnienia i pochwały, Fundusz Kultury Narodowej przyznał Januszowi Apakoniowi stypendium. Po ukończeniu nauki w 1932 zajął się tworzeniem, uczestniczył w licznych wystawach i wernisażach. W 1935 otrzymał stypendium rządowe, które umożliwiło mu wyjazd do Francji, z tamtego okresu pochodzi wiele pejzaży. Po powrocie ponownie skupił się na twórczości, wystawiał swoje prace w Warszawie, Krakowie i Lwowie. Był członkiem krakowskiego Towarzystwa Artystów Grafików i Związku Zawodowego Polskich Artystów Plastyków. Latem 1939 we Francji miała miejsce wystawa objazdowa twórczości Janusza Apakonia, ale w związku z sytuacją polityczną w sierpniu tego roku artysta powrócił do kraju.