Podczas powrotu wziął udział w wojnie obronnej pomiędzy Rzeszowem a Lwowem skąd został wzięty do niewoli. W końcu września uciekł z niewoli, powrócił do Dębicy i pracował w Komunalnej Kasie Oszczędności. Pod koniec 1939 roku włączył się w działalność konspiracyjną w grupie 42 harcerzy podlegających konspiracyjnej Komendzie Chorągwi Krakowskiej, która organizowała Szare Szeregi. Jan Kita został dowódcą Szarych Szeregów w Dębicy przyjmując pseudonim „Samotny”. Po akcji scalania „Szare Szeregi” zostały włączone do ZWZ, gdzie jako komendant Szarych Szeregów w Dębicy, był adiutantem komendanta Obwodu „Deser” por. Artura Towarnickiego ps. „Tur”. 15 sierpnia 1940 roku awansowany do stopnia podporucznika.
Aresztowanie i śmierć. 19 kwietnia 1941 roku nastąpiło przypadkowe ujęcie przez żandarmów łącznika zajmującego się przewozem prasy konspiracyjnej, a następnie po denuncjacji struktur kilku harcerzy aresztowano. Jan Kita został aresztowany 22 kwietnia 1941 roku. Poddany śledztwu i torturom na Gestapo w Rzeszowie. Podczas jednego z przesłuchań próbował popełnić samobójstwo za pomocą własnego sztyletu harcerskiego znajdującego się na biurku przesłuchującego go Niemca, jednakże przeżył i po podleczeniu został przewieziony transportem z Krakowa do obozu koncentracyjnego w Auschwitz i oznaczony numerem 20976.