Historia badań i dokumentacji Schronisko znane było od dawna. Po raz pierwszy jego krótki opis podał S.J. Czarnowski w 1899 r.S.J. Czarnowski, Jaskinie okolic Ojcowa pod względem topograficznym, Światowit 1, 1899, s. 1–13. W 1951 r. krótki opis i plan podał Kazimierz Kowalski. Podał też, że namulisko było nienaruszone. W 1967 r. przeprowadził badania osadówK. Kowalski, Jaskinie Polski, tom. 1, Warszawa: Państwowe Muzeum Archeologiczne, 1951.. W 1982 r. interdyscyplinarne badania osadów w schroniskach Skały Żytniej prowadziła T. Madeyska. W 2015 r. N. Sznobert pomierzył jaskinię i sporządził nowy jej plan.
Jaskinie i schroniska Skały Żytniej W Skale Żytniej znajduje się blisko siebie 6 schronisk i dwie jaskinie: Jaskinia pod Agrestem, Jaskinia w Żytniej Skale Górna (długość 13 m), Schronisko Dolne w Żytniej Skale (długość 10,5 m), Schronisko Małe w Żytniej Skale (Jaskinia Mała) – pierwsze od zachodniej strony, Schronisko nad Dolnym w Żytniej Skale (długość 4,7 m), Schronisko Przechodnie w Żytniej Skale (Jaskinia Przechodnia).