Historia badań i dokumentacji Schronisko znane było od dawna. Po raz pierwszy jego krótki opis podał S.J. Czarnowski w 1899 r.S.J. Czarnowski, Jaskinie okolic Ojcowa pod względem topograficznym, Światowit 1, 1899, s.1-13. W 1951 r. krótki opis i plan podał Kazimierz Kowalski. Podał też, że namulisko było nienaruszone. W 1967 r. przeprowadził badania osadówK. Kowalski, Jaskinie Polski, tom. 1, Warszawa: Państwowe Muzeum Archeologiczne, 1951. W 1981 r. D. Lisoń sporządza plan schroniska. W 1981 r. interdyscyplinarne badania osadów w schroniskach Skały Żytniej prowadziła T. Madeyska.
W namuliskach jaskini i schronisk Skały Żytniej archeolodzy znaleźli szczątki plejstoceńskich zwierząt i niewielką ilość krzemiennych narzędzi z górnego paleolitu. Schroniska te były więc zamieszkiwane przez ludzi w okresie paleolitu, ale także później – znaleziono bowiem fragmenty ceramiki tzw. lendzielskiej i promienistej, pochodzące z wczesnego średniowiecza.