Flora roślin wyższych (bez mchów) w Parku Narodowym Pelister obejmuje ponad 1050 taksonów. Rośnie tu 88 gatunków drzew, co stanowi 29% całkowitej dendroflory w Macedonii Północnej. Dla obszaru parku charakterystyczne jest występowanie sosny rumelijskiej (Pinus peuce). Większość obszarów leśnych parku to lasy bukowe – 2606 ha, lasy porośnięte sosną rumelijską zajmują powierzchnię 1174 ha, a las dębowy – 487 ha, poza tym występują tu lasy mieszane: sosnowo-jodłowe, sosnowo-bukowe, sosnowo-bukowo-jodłowe, bukowo-jodłowe i bukowo-dębowe.
Z całego obszaru zajętego przez sosnę rumelijską ok. 1100 ha znajduje się w granicach rezerwatu ścisłego. Sosna ta rośnie tu zasadniczo w granicach wysokości od ok. 1700 m n.p.m. do ok. 2100 m n.p.m. Powyżej tej granicy trafia się już tylko sporadycznie, i to przeważnie w formach karłowatych, poskręcanych, tworząc zespół odpowiadający tatrzańskiemu piętru kosodrzewiny. W dolnych partiach tych lasów podszycie stanowią przeważnie paprocie, a w górnych borówka czarna. Z krzewów w niższych położeniach częsty jest jałowiec pospolity, w wyższych - ten sam takson w odmianie halnej (dawn.