Początkowo najmniejsze represje dotknęły katolicyzm w Słowenii. Było to związane z istnieniem tradycji katolickich socjalistów, aktywnych jeszcze przed wojną, a także opuszczeniem kraju przez nastawionego antykomunistycznie bpa Grigorija Rožmana i przejęciem inicjatywy przez sympatyzujące z NOVJ duchowieństwo. Chociaż represje Kościoła w Słowenii w końcu przybrały ten sam wymiar co w całej Jugosławii, to zdecydowano się na powołanie tam organizacji współpracujących z władzami, analogicznie do księży patriotów w Polsce czy księży pokoju na Węgrzech. Przyczyną tego było zerwanie stosunków z Moskwą, przez co dalsze otwarte prześladowanie Kościoła byłoby kompromitacją komunistów.
W 1948 roku powstało Stowarzyszenie Księży Słoweńskich, które zostało rozwiązane rok później po potępieniu przez Stolicę Apostolską jego pisma, „Bilten”. W lipcu 1949 roku grupa księży powołała natomiast Bractwo Cyryla i Metodego. Nazwa została zaczerpnięta od dziewiętnastowiecznej organizacji, która walczyła z germanizacją i italianizacją na terenie Słowenii i Istrii.