Obawy przed powstaniem Maltańczyków przeciwko Zakonowi wzrosły, gdy dwóch młodych rycerzy zostało zamordowanych w Cottonerze.
W mieście powstały frakcje wspierające Francuzów, i inne sprzeciwiające się najeźdźcom. Niektórzy francuscy członkowie Zakonu mieli republikańskie skłonności i popierali Napoleona. Jean de Bosredon de Ransijat, dowódca i Rycerz Wielkiego Krzyża Zakonu, który był również sekretarzem skarbu, został uwięziony w forcie Saint Angelo po tym, jak skierował list do Hompescha, stwierdzając, że nie będzie walczył z Francuzami i prosząc o możliwość zachowania neutralności w konflikcie. Niektórzy naciskali na Hompescha, aby negocjował z Napoleonem i uzyskał warunki pokoju, a przedstawiciele maltańskiej społeczności zwrócili się do wielkiego mistrza o zawarcie rozejmu.
W międzyczasie na fortyfikacjach portowych kontynuowano obronę przed inwazją. Fort Ricasoli oraz fort Manoel wytrzymały kilka ataków, i poddały się dopiero po podpisaniu kapitulacji przez Zakon. Francuzi zablokowali fort Tigné i ostrzeliwali go wielokrotnie 11 i 12 czerwca, a jego obrońcy byli nieświadomi negocjacji, które w tym czasie trwały.