Okręt zabierał tylko pięć torped umieszczonych w wyrzutniach, a miejsce zajmowane do tej pory przez torpedy zapasowe zostało wykorzystane na zwiększony zapas amunicji przeciwlotniczej i rozmieszczenie dodatkowego personelu (załoga jednostki została powiększona do 67 osób, wliczając w to lekarza okrętowego). Ograniczono też ilość zabieranego paliwa, z uwagi na krótsze misje na pobliskich wodach Zatoki Biskajskiej.
Remont i przebudowa U-256 zakończyła się w maju 1943 roku, a okręt otrzymał oznaczenie „U-flak 2”. 16 sierpnia 1943 roku jednostka została powtórnie przyjęta do służby, a jej dowództwo objął por. mar. .
Drugi rejs bojowy 4 października 1943 roku „U-flak 2” wyszedł z Brestu na swoją drugą misję bojową. 8 października o godzinie 3:34 na wodach Zatoki Biskajskiej na przybliżonej pozycji płynący na powierzchni okręt został wykryty i oświetlony za pomocą reflektora Leigha przez załogę bombowca Wellington numer HF190 z 612. Dywizjonu RAF. U-Boot ostrzelał samolot, uzyskując kilkanaście trafień, po czym wykonał manewr szybkiego zanurzenia;