Na cmentarzu spoczęło 15 marynarzy, którzy 26 sierpnia 1914 zatonęli w Zatoce Fińskiej na pokładzie krążownika SMS „Magdeburg”.
mały|left|190px|Zbiorowa mogiła z 1925 marynarzy z „Magdeburga”
Po przyłączeniu miasta do Polski nekropolia funkcjonowała jako Cmentarz Komunalny nr 10 od 1946 do zamknięcia w 1961 (ostatnie pochówki w tym okresie miały miejsce w 1959). W tym okresie na cmentarzu spoczęło około 6 tysięcy osób, w tym marynarze traceni z wyroków Sądu Marynarki Wojennej w Gdyni i Sądu Rejonowego w Gdańsku, np. Adam Dedio. Przyłączono do niego około jednej piątej powierzchni cmentarza Gminy Bezwyznaniowej, reszta posłużyła za teren Cmentarza Żołnierzy Radzieckich. Plany zamienienia cmentarza na park nie zostały zrealizowane. Cmentarz został ponownie otwarty w 1995 po przeprowadzeniu prac renowacyjnych, m.in. w kaplicy. Od tego czasu większość nowych grobów powstała na miejscu opuszczonych lub ekshumowanych. Od 23 września 1995 do 28 stycznia 2009 na cmentarzu pochowano 4086 zmarłych. Obecnie możliwe są jedynie pogrzeby urnowe w części przyległej do ulicy Kolonia Jordana oraz zawierającym 510 nisz kolumbarium. W 1995 na cmentarzu wydzielono kwatery: wojskową (dla zawodowych żołnierzy Garnizonu Gdańsk) i kombatancką.