Lokalizacja przestrzenna nanocząstek jest realizowana poprzez kodowanie przestrzeni silnym gradientowym polem magnetycznym generowanym przez dodatkowy zestaw cewek. Przy odpowiednio dobranej wielkości gradientu nanocząstki znajdujące się poza małym obszarem otaczającym punkt o zerowej wartości pola (tzw. punkt wolny od pola) znajdują się w stanie nasycenia. W takiej sytuacji zniekształcenia harmoniczne pochodzą tylko i wyłącznie od nanocząstek znajdujących się w obszarze otaczającym punkt wolny od pola. Za pomocą pary cewek dla każdej osi X,Y,Z można generować równomierne w przestrzeni pole magnetyczne o różnej amplitudzie i w ten sposób przesuwać punkt wolny od pola w każdej z osi. Przesuwając punkt wolny od pola w przestrzeni można uzyskać trójwymiarową mapę koncentracji nanocząstek. Istnieje również koncepcja skanowania przestrzeni za pomocą tak zwanej linii o zerowej wartości pola wymagająca rozwiązania przekształcenia odwrotnego.